Ssh y scp no permiten pasar la contraseña como parámetro, lo que complica las cosas a la hora de automatizar tareas. Normalmente se suele recurrir a dos tipos de soluciones: distribuir claves sin password y/o usar expect. La primera no siempre es posible, pues a veces no se tiene el control del servidor. La segunda es más habitual, aunque en ocasiones no se dispone de 'expect', problema con el que me he encontrado recientemente en el proyecto OpenDomo.
Como consecuencia he desarrollado la herramienta sshbatch, que permite realizar comandos ssh y scp pasando la passwd como parámetro.
Dejo aquí una copia del programa en C y un enlace al grupo de OpenDomo donde expliqué como funciona.